W sezonie 2019/2020 Sandecja Nowy Sącz zajęła 12. miejsce w Fortuna 1 Lidze. Z kolei w rozgrywkach TOTOLOTEK Pucharu Polski odpadła w 1/16 finału po porażce 1:3 z KSZO 1929 Ostrowcem Świętokrzyskim.

Pary 1/32 finału TOTOLOTEK Pucharu Polski:

Odra Opole - Lech Poznań

GKS Bełchatów - Legia Warszawa

Chrobry Głogów - Cracovia

Resovia Rzeszów - Piast Gliwice

KS Ślęza Wrocław - Wigry Suwałki

Zdobywca PP Opolski ZPN - Górnik Łęczna

Górnik Polkowice - Arka Gdynia

Zdobywca PP Wielkopolski ZPN - Korona Kielce

Zdobywca PP Łódzki ZPN - Widzew Łódź

Garbarnia Kraków - GKS Katowice

Zdobywca PP Kujawsko-Pomorski ZPN - Zagłębie Sosnowiec

Podhale Nowy Targ - Pogoń Szczecin

Błękitni Stargard/Legionovia Legionowo - Warta Poznań

Stomil Olsztyn - GKS Jastrzębie

Radomiak Radom - Miedź Legnica

Zdobywca PP Podlaski ZPN - Znicz Pruszków

Stal Rzeszów - Podbeskidzie Bielsko-Biała

GKS Tychy - Wisła Płock

Zdobywca PP Lubuski ZPN - Świt Szczecin

ŁKS Łódź - Śląsk Wrocław

Świt Nowy Dwór Mazowiecki - Zagłębie Lubin

Sandecja Nowy Sącz - Raków Częstochowa

Zdobywca PP Lubelski ZPN - Pogoń Siedlce

Skra Częstochowa/Stal Stalowa Wola - Lechia Gdańsk

Zdobywca PP Pomorski ZPN - Puszcza Niepołomice

Zdobywca PP Warmińsko-Mazurski ZPN - Zdobywca PP Śląski ZPN 

(W półfinale Pucharu Polski na szczeblu Śląskiego Związku Piłki Nożnej rywalizuje Raków II Częstochowa)

Górnik Zabrze - Jagiellonia Białystok

Bruk-Bet Termalica Nieciecza - Bytovia Bytów

KSZO 1929 Ostrowiec Świętokrzyski - Wisła Kraków

Chojniczanka 1932 Chojnice - Olimpia Elbląg

Lech II Poznań/Elana Toruń - Olimpia Grudziądz

Zdobywca PP Podkarpacki ZPN - Stal Mielec

W trakcie meczów TOTOLOTEK Pucharu Polski w każdej drużynie musi występować przynajmniej dwóch młodzieżowców - w sezonie 2020/2021 są to zawodnicy urodzeni w 1999 roku i młodsi.

Wszystkie rundy są rozgrywane według zasady jednego meczu.

W sezonie 20/21 drużyny mogą przeprowadzać pięć zmian.